Da due documenti pubblicati da Schifani risulta che la chiesa fu affidata, nel 1621, ai Minori
francescani, in quanto fu costruito e loro affidato un nuovo convento, confinante con la chiesa e
avente l'area dell’attuale fabbricato delle Scuole elementari. I francescani vi risiedettero sino al
1866, quando, per la confisca dei beni ecclesiastici, lo abbandonarono definitivamente e la
proprietà dell'edificio passò al Comune. La Chiesa veniva chiamata, sino a qualche decennio
addietro, anche "Chiesa del Convento”. Nel 1594, abitavano, fuori del paese, un piccolo convento
con l'annessa chiesa di san Rocco due frati francescani; ma negli anni successivi lo avevano
abbandonato e si erano ritirati a Troina. E li rimasero, fin quando, richiamati nel 1621 dai Cesaresi,
ritornarono in numero maggiore stabilendosi nel nuovo convento. L'esistenza della chiesa è
anteriore al convento; e nel XVI secolo vi si radunava una confraternita laicale detta "di San
Calogero” La chiesa, dopo un trentennio dalla partenza dei francescani, aveva il tetto lesionato e
fu deciso di abbatterlo e costruirlo ex-novo. Così, nel 1898, vennero eliminati, con l'incuria di
sempre, gli affreschi della volta, concernenti la vita di san Calogero, e incoscientemente vennero
buttati dall'alto le travi di sostegno, che distrussero le numerose epigrafi pavimentali. Le mura
perimetrali vennero alzate e la chiesa ebbe maggiore volumetria. Le opere rimasero incomplete
sino agli anni sessanta di questo secolo, quando venne rifatto il pavimento e intonacato del tutto
l’interno. Sotto la struttura pavimentale vi era una costruzione cimiteriale per la sepoltura dei frati.
Nella chiesa vi sono: la statua di san Calogero, le reliquie (conservate in una grande teca
argentea) e il fercolo (o "vara") per le processioni; inoltre la statua di san Rocco (proveniente dalla
scomparsa chiesa a Lui dedicata) e un grande crocifisso. Altre statue, in parte danneggiate, sono
riposte in un angolo del coro. La chiesa viene aperta esclusivamente per le feste di san Calogero
o, per la vicinanza, in supplenza della Chiesa Madre, qualora dei lavori interni non permettano le
celebrazioni dei riti.